工程中心除承接国家下达的工程化项目与企业委托的工程化开发任务、实现作为功能食品行业成果转化平台的功能外，还将通过良好的运行机制，积极运作，吸引更多的科研院所和企事业单位依托中心进行工程化技术开发，以使更多的成果在工程中心集成、孵化转变为现实生产力。承担从规划咨询、可行性研究报告、技术服务、工程设计到工程总承包的综合性工程技术集成任务。

工程中心围绕在功能食品开发和产业化开展系统研究，实现功能食品领域重大共性关键技术的突破和一批高新技术成果的应用与产业化开发示范。在功能食品研究领域培育一批原创性的科研成果，积极实施产业化应用，为功能食品产业化应用与产品开发提供了良好的土壤；形成较强的功能食品关键技术开发和工程化集成能力，建成从实验室小试、中试到产业化的一体化研发、设计与工程技术支撑体系。